Nước thải thủy sản từ quá trình sản xuất sẽ được tập trung về hố thu gom.Tại song chắn rắc các tạp chất có kích thước lớn sẽ được giữ lại đảm bảo điều kiện thuận lợi cho hệ thống và trách tắc nghẹt đường ống.
Sau khi qua hố thu gom nước thải được dẫn vào bể điều hòa.mục đích chính của bể điều hòa là ổn định nước thải về lưu lượng và nồng độ nâng cao hiệu quả xử lý dây chuyền sau.
Nước thải tiếp tục được vào bể phản ứng tại đây có gắn 2 bơm hóa chất keo tụ và trợ keo tụ nhằm tăng kích thước hạt cặn bông cặn qua đó loại trừ hàm lượng hữu cơ và các chất gây ô nhiễm có trong nước thải.Nước thải được đưa vào bể lắng nhằm tạo thời gian để lắng hàm lượng cặn từ quá trình phản ứng hóa học trước đó.
Nước thải sau khi qua bể lắng được đưa về bể sinh học.Tại đây sẽ thực hiện quá trình phân hủy các chất hữu cơ có trong nước nhờ các vi sinh vật hiếu khí.Các vi sinh vật sẽ sử dụng hàm lượng oxy được cung cấp từ thiết bị sục khí để phân hủy các chất hữu cơ (BOD,COD) có trong nước thành CO2 và nước.Việc sụt khí nhằm duy trì trạng thái lơ lững của bùn hoạt tính và cung cấp oxy cho các vi sinh vật hiếu khí.
Từ bể sinh học nước thải được dẫn qua bể lắng 2,mục đích của bể này là giữ lại hàm lượng bùn từ quá trình sinh học và một phần tạp chất lơ lững.Một phần bùn được tuần hoàn vể bể sinh học,phần bùn dư thì được dẩn về bể chứa bùn.
Cuối cùng nước thải được dẫn qua bể khử trùng nhằm loại bỏ vi sinh vật gây bệnh và giảm mùi hôi trong nước thải.sau khi qua bể khử trùng nước thải đặt tiêu chuẩn xã thải.
Bùn thải từ bể chứa bùn sẽ được thu gom và xủ lý một cách thích hợp.
